Dvarą prie Babtyno kaimo XVI a. įkūrė Šiukštos. Vėliau dvaras priklausė Andriui Vilimavičiui ir Jokūbui Sauginavičiui. Nuo 1697 m. visą šimtmetį dvarą valdė Prozorai. Iki jų valdymo pirmieji dvaro rūmai ir kiti pastatai buvo mediniai, laikui bėgant ne kartą rekonstruoti ir perstatyti. Tik valdant Prozorams, maždaug nuo 1730 m., prasidėjo mūrinių statinių epocha. Babtynas tapo reprezentaciniu dvaru. Rūmai buvo didingi, su dviejų aukštų frontonu, balkonais antrame aukšte, 28 kambariais ir gynybiniu bokštu. Tuo pat metu pastatytas ir lobyno pastatėlis. 1797 m. Babtynas su Sitkūnų kaimu parduotas Burhardui fon Korfui. Netrukus dvarą įsigijo kunigaikščiai Giedraičiai, valdę jį iki 1830 m. Tuomet dvarą nupirko grafai Benediktas Emanuelis ir Vanda Tiškevičiai, susituokę 1820 metais. Naujasis savininkas 1846 – 1849 m. buvo gubernijos bajorų maršalka. Tiesa, dvarininkas po pralaimėto 1863 metų sukilimo pasitraukė į Paryžių ir ten mirė 1866 metais, nepalikęs nė vieno vyriškos lyties paveldėtojo. Paskutinis dvaro šeimininkas – generolas Vladas Nagevičius (1881 – 1952) čia gyveno 1922 – 1944 metais. 20 ha žemės gavo už Lietuvos kariuomenės kūrimą; vėliau nusipirko daugiau žemės. Jo pavyzdinis ūkis garsėjo erdviomis arklidėmis, kuriose buvo laikomi veisliniai žirgai. Visą dvaro ūkį tvarkė jo žmona Veronika. Stengėsi atgaivinti senąsias tradicijas, taikliai priderindamas jas prie tuometinio gyvenimo ritmo. Dvaras garsėjo Joninėmis, į kurias suvažiuodavo Kauno inteligentija ir valstybės vadovai. Savaitgaliais, nusamdęs garlaiviuką, jis Nevėžiu atsigabendavo svečių iš Kauno – aktorių, dailininkų, muzikų, poetų.
Nuo 1999 prasidėjo naujas 500 metų senumo Babtyno dvaro gyvenimo etapas. Ačiū dievui, baigėsi sovietinio griovimo laikas, išgyveno 4,5 iš 20 pastatų, kažkada išpuoselėto dvaro. Likus 29 praėjusio tūkstantmečio dienoms, dvaras buvo parduotas. Vieninteliu pirkeju buvo Mindaugas Šventoraitis. Naujasis savininkas po truputį dvarą sutvarkė. Lobynas, buvusi pieninė, buvo įrengtas kaip gyvenamas namas, jis ir vadinamas nameliu. Rūmai po rekonstrukcijos pritaikyti gyvenimui. Įrengta 15 kambarių, 4 vonios, 2 virtuvės, pokylių - koncertų salė, paveikslų galerija, žaidimų kambarys - šachmatinė, biblioteka. Visi kambariai, kaip beje ir prieš šimtmešius, turi pavadinimus. Vieni pakrikštyti istoriniais sumetimais, kaip pvz. avių, kiti pavadinti draugų arba savininkų vaikų vardais. Kluonas įrengtas kaip vasaros koncertų salė, kur telpa 1000 žmonių, taip pat jame yra senovinės žemės ūkio technikos ekspozicija. Svirne laikoma gausi motociklų kolekcija nuo 1920 iki 2000 metų. Tvartas beveik sugriuvęs ir laukia savo atstatymo eilės. Per 10 čia pragyventų metų Mindaugas Šventoraitis neapsiribojo vien dvaro atstymu - surengta daug koncertų, spektaklių, įvairiausių kūrybinių vakarų, švenčių, menininkų plenerų. Šiemet dvare įžymus Lietuvos kino režisierius Algimantas Puipa stato meninį filmą "Miegančių drugelių tvirtovė". Dvaro kluonas ir kiemas kartais nuomojami įvairiems renginiams.
