Nuotr.: © Audrius Mielkus
Kalvarijoje žydai įsikūrė XVIII a. I ketvirtyje. 1713 m. karalius Augustas II Kalvarijos žydų kahalui suteikė privilegiją, kuria Kalvarijos žydai gavo tokias pat teises kaip ir kituose LDK miestuose, tarp jų ir teisę pastatyti sinagogą. Pirmoji medinė sinagoga Sodų g. pastatyta XVIII a. Mūrinė (Vasarinė) sinagoga statyta 1795 m. - 1803 m., Žieminė sinagoga - XIX a., Talmudo mokykla - XX a. pr.
Antrojo pasaulinio karo metu nuniokota vasarinė sinagoga pokariu buvo rekonstruota. Sovietmečiu sinagogos naudotos sandeliavimui. Po 1981 m. apleistos. XX a. pab. kompleksas grąžintas Lietuvos žydų bendruomenei.
Kalvarijos sinagogų kompleksas - vienintelis Lietuvoje iki mūsų dienų išlikęs trijų sinagogų kompleksas, turintis 200 metų gyvavimo istoriją. Kompleksą sudaro barokinė (vasarinė), eklektinė (žieminė) sinagogos bei Talmudo mokyklos (dar vadinamos Rabino namu) pastatas. 1803 m. pastatyta barokinė akmenų ir plytų mūro sinagoga – viena iš vertingiausių Lietuvoje. Išlikusi pirminė struktūra, nepakitusios išorės formos. Sienų storis siekia 1,5 m. Pastate išlikusi Toros ritinių laikymo vieta – aron kadešas. Eklektinė sinagoga statyta 1857 m. (architektas L. Salkovskis). Pagal to paties architekto projektą tuomet pastatytas ir Talmudo mokyklos pastatas.
Dviejų ar daugiau sinagogų kompleksų Lietuvoje yra išlikę tik Joniškyje, Kėdainiuose ir Kalvarijoje.